Des chercheurs expliquent la mystérieuse disparition de la variante Delta au Japon — RT World News

À la mi-août, le Japon a connu un pic d’infections au Covid-19, enregistrant plus de 23 000 nouveaux cas par jour. Maintenant, la métrique n’est que d’environ 170, les décès attribués à la maladie restant pour la plupart à un chiffre ce mois-ci.

La baisse a été attribuée par beaucoup aux taux de vaccination élevés, à l’acceptation par le public des masques et à d’autres facteurs, mais certains chercheurs affirment que la baisse était particulièrement significative, par rapport à d’autres pays présentant des conditions similaires.

Ituro Inoue, généticien à l’Institut national de génétique, estime que le Japon a eu la chance de voir la souche Delta éliminer principalement d’autres variantes du virus SARS-CoV-2 avant de s’éradiquer. Il a expliqué la théorie de son équipe au journal Japan Times cette semaine.

Depuis quelque temps déjà, Inoue et ses collègues scientifiques recherchaient les mutations du SARS-CoV-2 et comment elles sont affectées par la protéine nsp14, qui est cruciale pour la reproduction du virus.

Les virus à ARN, comme celui qui cause le Covid-19, ont tendance à avoir un taux de mutation très élevé, ce qui les aide à s’adapter rapidement aux changements de l’environnement. Cependant, cela ouvre la porte à un soi-disant « catastrophe d’erreur », lorsque de mauvaises mutations s’accumulent et provoquent finalement l’extinction complète d’une souche. La protéine nsp14 semble offrir une forme de relecture des erreurs qui aide le génome du virus à rester en dessous du seuil de la « erreur catastrophe ».

Dans le cas de la cinquième vague japonaise de Covid-19, le nsp14 de la variante Delta a échoué à ce travail, estime Inoue, sur la base de l’étude génétique de spécimens collectés de juin à octobre. Contrairement aux attentes de son équipe, il y avait un manque de diversité génétique, tandis que de nombreux échantillons présentaient de nombreux changements génétiques dans le site appelé A394V, qui est lié à la protéine de correction des erreurs.

« Nous avons été littéralement choqués de voir les résultats », le chercheur a déclaré au Japan Times. « La variante Delta au Japon était hautement transmissible et [was] en excluant les autres variantes. Mais au fur et à mesure que les mutations se sont accumulées, nous pensons qu’il est finalement devenu un virus défectueux et qu’il était incapable de faire des copies de lui-même. »

La théorie pourrait être pertinente pour la souche précédente du SRAS, qui a été identifiée en 2003, expliquant pourquoi elle n’a pas provoqué de pandémie. Mais cela serait difficile à confirmer, car l’épidémie s’est terminée relativement rapidement et n’a pas entraîné la collecte massive de données génétiques nécessaires pour tester l’hypothèse.

On ne sait pas pourquoi le Japon a eu cette chance, mais rien de comparable ne s’est produit dans d’autres pays d’Asie de l’Est comme la Corée du Sud, où les populations sont génétiquement proches de celles du Japon. Des mutations virales similaires à celles signalées par les scientifiques ont été découvertes dans au moins 24 pays, a déclaré Inoue. Lui et son équipe prévoient de publier un article détaillant leurs conclusions d’ici la fin novembre.

Même si la théorie de l’extinction naturelle est confirmée, il s’agit au mieux d’un sursis temporaire pour le peuple japonais. De nouvelles souches plus performantes finiront probablement par pénétrer dans le pays, bien que les mesures de quarantaine et le contrôle de l’immigration puissent retarder l’émergence de nouvelles variantes au Japon, estime Inoue.

Pendant ce temps, Tokyo se prépare à une nouvelle vague de Covid-19 cet hiver et se prépare à vivre avec le virus. Le gouvernement aurait prévu d’assouplir les restrictions de voyage en augmentant le nombre de personnes qu’il autorise à entrer dans le pays par jour de 3 500 à 5 000.

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