Illustration de la mère Jones ; Ivan Yudin/TASS/Getty
En février, il y a toute une vie en temps de pandémie, j’ai parlé avec plusieurs experts qui ont mis en garde contre la capacité des États-Unis à séquencer et à suivre les variantes du coronavirus. À l’époque, des scientifiques britanniques avaient identifié la première « variante préoccupante » de la pandémie, une souche appelée plus tard Alpha. Le Royaume-Uni s’est vanté de la « norme d’or » des stratégies de surveillance génomique, en séquençant environ 6 % des échantillons COVID positifs au début de 2021 ; les États-Unis, quant à eux, séquençaient environ 0,3 pour cent. « Nous sommes aveugles à ce qui se passe », m’a dit un expert en maladies infectieuses et en vaccinologie.
Alpha finirait par être surperformé au Royaume-Uni (et dans le monde) par une autre variante, Delta. Mais son émergence, parmi la montée d’autres variantes préoccupantes peu de temps après, a été un signal d’alarme : sans un programme de surveillance génomique robuste, ont averti les chercheurs, les États-Unis ne parviendraient pas à surveiller les variantes au fur et à mesure qu’elles étaient introduites ou à détecter de nouvelles variantes locales. -nous laissant moins préparés à combattre le virus.
Entrez Omicron. Signalée pour la première fois à l’Organisation mondiale de la santé par des responsables sud-africains autour de Thanksgiving, la variante a depuis été détectée dans des dizaines de pays, dont les États-Unis. Et dans la plupart des médias d’information, le récit dominant sur la surveillance génomique des États-Unis est resté le même : le pays « est à la traîne » par rapport à nos homologues étrangers, a été « lent à faire la fête » et risque de « voler à l’aveugle ».
Mais après avoir discuté avec quelques experts la semaine dernière, il est devenu clair que ce n’est plus exactement le cas. En fait, les États-Unis sont loin d’être à la traîne. Et dans une mer de gros titres alarmants sur Omicron, c’est vraiment une bonne nouvelle.
“J’ai l’impression que le sentiment à cette époque l’année dernière était, TLes États-Unis ne séquencent pas assez. Nous sommes en retard, nous sommes en retard. Et je pense que c’était un argument juste. Mais à ce stade, je pense que c’est juste un argument vraiment paresseux », déclare Joseph Fauver, professeur adjoint au College of Public Health du University of Nebraska Medical Center, qui travaille avec l’État pour suivre les variantes. «Je suis sans réserve du côté de, nous faisons un travail exceptionnel. Cela ne veut pas dire que nous ne pouvons pas faire mieux. Mais il y a tellement de données générées en ce moment aux États-Unis et dans le monde. »
Voici, sur la base de mes conversations, ce que vous devez savoir sur Omicron, les futures variantes et le séquençage génomique :
Au début de cette année, lorsque des experts ont demandé un investissement dans la capacité du pays à suivre le SRAS-CoV-2, l’administration Biden a écouté. En février, il a annoncé un « acompte » de 200 millions de dollars pour suivre les variantes, suivi d’un investissement de 1,7 milliard de dollars en avril. « Le CDC, avec le soutien de la Maison Blanche et du gouvernement fédéral, a vraiment mis en place un plan solide pour accélérer la surveillance génomique dans tout le pays », a déclaré Bronwyn MacInnis, directeur de la surveillance génomique des agents pathogènes dans le programme des maladies infectieuses et du microbiome à le Broad Institute du MIT et de Harvard.
L’effort comportait trois volets : d’abord, les responsables fédéraux de la santé ont travaillé pour que les institutions qui effectuaient des tests COVID à grande échelle – des magasins comme Labcorp, Quest Diagnostics, Helix et le Broad Institute, où travaille MacInnis – effectuent leur propre séquençage, donnant scientifiques ce qu’elle appelle une “vue de 10 000 pieds” des souches qui circulent à travers les États.
Deuxièmement, l’administration a injecté des fonds dans les laboratoires locaux et nationaux, leur donnant la possibilité d’être «plus agiles», dit MacInnis, et de zoomer sur les épidémies locales ou d’effectuer un séquençage ciblé aux endroits où cela était nécessaire.
Le troisième élément, selon MacInnis, était de continuer à soutenir les centres de recherche universitaires comme le sien qui utilisent leur capacité de laboratoire pour suivre le SRAS-CoV-2. « Ce n’est pas parfait », dit MacInnis à propos de l’effort dans son ensemble. « Ce n’est pas facile non plus. Mais c’est vraiment fort.”
Les données le confirment : début 2021, le pays séquençait quelques milliers de génomes par semaine. Fin novembre, ce niveau a atteint près de 100 000 par semaine. Selon l’estimation de Fauver, les États-Unis ont séquencé à peu près autant, sinon plus, de génomes du SRAS-CoV-2 que nous en avons pour tous les autres virus combinés.
« Au début de cette année, nous n’étions pas encore assez en mesure de séquencer pour vraiment avoir un bon aperçu de ce qui circulait aux États-Unis », ajoute Alexandra Phelan, professeure adjointe au Center for Global Health Science and Security de l’Université de Georgetown, dont le travail se concentre sur la préparation et la réponse à une pandémie. « Si nous nous regardons maintenant, nous sommes en fait dans une bien meilleure position. »
En plus de séquencer des dizaines de milliers d’échantillons par semaine, nous atteignons également notre objectif en termes de pour cent des cas séquencés. Au début de 2021, les scientifiques s’étaient fixés pour objectif de séquencer cinq échantillons COVID positifs sur 100. Selon une analyse préliminaire mais largement citée d’Illumina, une société basée à San Diego qui fabrique des équipements de séquençage génomique, les États-Unis devraient séquencer 5 % des échantillons pour détecter une variante qui représente entre 0,1 % et 1,0 % des cas.
Pour l’instant, en moyenne, nous sommes là : “Je dirais que la plupart des États sont maintenant à ou près de cette barre des cinq pour cent”, dit MacInnis, “et beaucoup sont bien au-delà.” (La semaine dernière, la directrice du CDC, Rochelle Walensky, a déclaré aux journalistes que l’agence séquençait à un taux d’environ un échantillon positif sur sept, soit environ 14%.)
Cinq pour cent peuvent ne pas sembler beaucoup, mais les tests bien au-delà ont des « rendements décroissants », dit MacInnis. “Il est irréaliste à ce stade de séquencer tous les cas positifs. Et c’est aussi un peu inutile.” Avec un taux de 5 %, « nous avons le pouvoir de détecter les menaces émergentes à un stade précoce ». Si une nouvelle variante doit entraîner “un nombre significatif de cas”, ajoute Fauver, “nous la détecterons absolument avec ce niveau de séquençage”.
Une façon de faciliter le travail des chercheurs ? Diminuer le nombre total de cas de COVID. Pensez-y de cette façon : le taux de séquençage génomique est le nombre de séquences du SRAS-CoV-2 divisé par le nombre de tests positifs aux États-Unis à un moment donné. Si nous voulons augmenter notre taux, nous pouvons soit augmenter le nombre de génomes séquencés, soit diminuer le nombre de cas. « Il y a effectivement une transmission COVID non contrôlée qui se produit en ce moment », dit Fauver, « ce qui rend très difficile l’augmentation de ce pourcentage. »
C’est aussi en partie pourquoi des pays comme l’Islande ou la Nouvelle-Zélande sont capables de séquencer un pourcentage énorme d’échantillons positifs : un faible nombre de cas. Les États-Unis se classent peut-être au 22e rang mondial pour notre pourcentage de génomes séquencés, mais nous avons également affaire à beaucoup de cas. “La valeur absolue de ce nombre compte vraiment”, dit Fauver. “Je pense qu’il est vraiment facile de séquencer 100 pour cent des cas survenant en une semaine si vous n’avez que 1 000 cas.”
De plus, souligne Fauver, la réduction du nombre de cas réduit également les chances que de nouvelles variantes soient introduites dans la population en premier lieu. “Si vous n’êtes pas infecté”, dit-il, “vous ne participerez pas à la génération d’une nouvelle variante”.
Alors que les États-Unis procèdent au séquençage à un taux de 5%, ce nombre, soulignent les experts, est une moyenne. Certains États ne séquencent pas autant de génomes que d’autres. L’Oklahoma, note Phelan, a séquencé moins de 1% de tous ses échantillons au cours de la pandémie. En revanche, Washington, qui a été parmi les premiers États touchés par le coronavirus et abrite plusieurs établissements universitaires, s’est séquencé à un taux d’environ 8% depuis janvier 2020. Dans le Wyoming, c’est 20%. Au Vermont, c’est 22%.
Ces disparités existent, dit Fauver, en partie à cause des types d’institutions existant dans chaque État. Prenez la Californie. L’État a publié près de 300 000 séquences depuis le début de la pandémie, plus que tout autre État. Oui, c’est une grande population – “mais”, dit Fauver, “pensez à tous les groupes en Californie qui produisent des données de séquençage du génome entier”. Les laboratoires de comté, les laboratoires d’État, les institutions comme le Scripps Research Institute et l’UCSF, les organisations à but non lucratif comme le Chan Zuckerberg Biohub et les entreprises privées comme Illumina opèrent tous dans l’État. “Tout cela va beaucoup faire grimper les chiffres de la Californie”, conclut-il. Dans le Nebraska, où est basé Fauver, les chercheurs ont été en mesure de générer régulièrement des « données de très haute qualité », dit-il, mais l’effort est principalement mené par l’État, en combinaison avec une petite poignée de partenaires universitaires.
En plus des disparités entre les États, les experts craignent que les États qui ne séquencent pas autant d’échantillons soient souvent les États où les taux de vaccination sont les plus faibles. C’est-à-dire que les états où de nouvelles variantes sont les plus susceptibles d’émerger sont aussi les endroits qui ne sont pas en regardant d’aussi près. “Il y a un risque qu’il y ait une propagation non détectée”, dit Phelan.
Dans un rapport de 2020, Phelan et d’autres ont appelé le gouvernement fédéral à établir une approche unifiée du partage des données génomiques. Nous en avons encore besoin, dit-elle: “Une grande partie de ces données sont fragmentées parce que le pays et les systèmes de santé sont fragmentés. Nous avons toujours besoin d’un partage complet et systématique à travers le pays entre les États et au niveau fédéral.”
Peu de temps après que l’Afrique du Sud a signalé Omicron à l’OMS le 26 novembre, les États-Unis ont institué des interdictions de voyager contre lui et sept autres pays, tous en Afrique. Depuis lors, la variante Omicron a été détectée dans de nombreux autres pays, dont le Canada, le Royaume-Uni, l’Australie et l’Allemagne, et des dizaines d’autres, mais les États-Unis n’ont émis aucune nouvelle interdiction de voyager à leur encontre.
Alors que les interdictions de voyager peuvent ralentir la propagation mondiale d’une variante dans les premiers stades – “C’est juste une question de base de mathématiques”, dit Phelan – il est peu probable qu’elles le fassent. arrêter une variante dans son élan. D’une part, ils peuvent donner aux gouvernements un faux sentiment de sécurité, dit Phelan, et sont souvent « incorrectement ciblés » pour protéger la santé publique. Dans le cas d’Omicron, par exemple, « il est difficile de ne pas voir cela comme profondément discriminatoire ».
Les experts craignent également que ces restrictions ne découragent d’autres pays de publier leurs données COVID à l’avenir. “Si [sharing information] est confronté à des restrictions de voyage, je ne vois pas l’intérêt pour ces personnes de partager leurs données », a déclaré Fauver. “Alors oui, je pense que cela envoie exactement le mauvais message.”
Et “non seulement cela décourage les rapports sur les variantes, mais cela aura un impact sur les futures épidémies”, a déclaré Phelan. Si imposer des interdictions de voyager discriminatoires devient la norme, ajoute-t-elle, “je crains que nous soyons beaucoup moins préparés pour la prochaine pandémie”.
Cette pièce a été mise à jour.
La source: www.motherjones.com
