Nous manquons d’argent pour suivre les variantes de Covid. Un expert explique pourquoi ce serait très mauvais. – Mère Jones

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Illustration de Mère Jones; Getty

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Les États-Unis risquent de manquer d’argent pour lutter contre Covid. Sans fonds supplémentaires du Congrès, a averti la Maison Blanche le mois dernier, le pays en verra les conséquences immédiates. Des doses de rappel supplémentaires et gratuites pour tous les Américains ne seront pas possibles. Les prestataires médicaux ne seront pas remboursés pour le traitement, le dépistage ou la vaccination des patients non assurés. Et le gouvernement fédéral n’aura pas assez d’argent pour faire de nouveaux achats de traitements comme les anticorps monoclonaux ou les pilules antivirales orales.

Une grande partie de l’attention des médias autour de cette éventuelle crise s’est concentrée sur ces effets immédiats, dont certains commencent déjà à se faire sentir. Mais peut-être tout aussi inquiétant, selon les experts, est de savoir comment un manque d’argent peut entraver notre capacité à surveiller d’éventuelles avenir Épidémies de Covid. Comme je l’ai écrit en décembre, les États-Unis ont réussi à étendre massivement leurs efforts de surveillance génomique – c’est-à-dire notre système de suivi des nouvelles variantes – au cours de l’année 2021, en grande partie grâce à une augmentation des fonds fédéraux, aux alentours de 2 milliards de dollars. Au cours de l’année, les laboratoires du pays sont passés du séquençage de quelques milliers de génomes par semaine à près de 100 000 par semaine fin novembre. Et bien que les cas de Covid aient depuis chuté de façon spectaculaire, le pays séquence toujours des dizaines de milliers d’échantillons par semaine – un travail critique qui permet aux scientifiques de surveiller quelles variantes circulent dans le pays.

Mais si le financement supplémentaire disparaît, selon les experts, une quantité importante de ces données pourrait en faire de même, nous laissant non préparés à détecter et à répondre à l’évolution du virus. Dans une lettre du 15 mars au Congrès, les responsables de l’administration Biden ont déclaré que les efforts de surveillance génomique pourraient être menacés. “Avec une capacité réduite à effectuer une surveillance adéquate, le pays sera susceptible d’être” aveuglé “par de futures variantes”, indique la lettre. L’administration sera obligée de “réduire” ses programmes de surveillance, lit-on, “nous laissant moins en mesure de détecter la prochaine variante”. Pire encore, le Royaume-Uni et le Danemark, qui jusqu’à présent étaient en tête du monde avec leurs efforts de suivi des variantes et ont servi de signal d’alerte précoce aux États-Unis et à d’autres pays, réduisent également leurs programmes, suscitant l’inquiétude de spécialistes de la santé.

Il y a des signes que le Congrès commence à écouter : cette semaine, le Sénat a dévoilé un projet de loi d’aide Covid de 10 milliards de dollars – moins de la moitié de ce que la Maison Blanche avait initialement demandé – pour continuer à tester, distribuer des vaccins et acheter des produits thérapeutiques. Mais on ne sait pas quelle part de ce financement, s’il est adopté, ira spécifiquement aux efforts de surveillance génomique et aussi combien de temps durera l’argent de Covid. Et le projet de loi doit encore surmonter d’importants obstacles politiques au Sénat et être approuvé par la Chambre. (La Maison Blanche et le CDC n’ont pas immédiatement répondu aux demandes de commentaires sur les détails du projet de loi.)

Avec un financement en l’air, j’ai contacté Joseph Fauver, un épidémiologiste génomique au College of Public Health du University of Nebraska Medical Center, qui travaille avec l’État pour suivre les variantes, pour avoir une meilleure idée de ce qui manque d’argent du Congrès peut signifier pour la surveillance de Covid. Cela pourrait être “un énorme problème”, a-t-il immédiatement répondu par e-mail. Vous trouverez ci-dessous une version légèrement modifiée et condensée de notre conversation téléphonique plus tôt cette semaine.

Par e-mail, vous avez dit que si le financement fédéral pour la surveillance génomique venait à manquer, cela pourrait être un gros problème. Pouvez-vous expliquer ce que vous vouliez dire par là ?

En gros, c’est tellement myope. Il y a des moments où tu te demandes, n’avons-nous rien appris ici ? Dans mon esprit, la pandémie, évidemment, a eu une si grande portée et a été si dévastatrice pour tant de raisons différentes. Mais les choses qui viennent de modifier totalement la trajectoire de la pandémie sont des variantes préoccupantes. Et la façon dont nous trouvons les variantes préoccupantes est par le séquençage et la surveillance génomique de routine.

J’ai l’impression que l’utilité de ces approches est incontestable. Cela devrait simplement être une pratique courante à ce stade. L’échelle de séquençage peut varier, bien sûr. Vous pouvez augmenter et réduire, cibler des zones spécifiques si nécessaire. Mais ne pas avoir un soutien fédéral à grande échelle pour la surveillance génomique semble être une très mauvaise idée.

Quand je donne des conférences sur le Covid, je mets souvent une image de la courbe épi aux États-Unis, des cas au fil du temps. Et vous pouvez mettre une ligne pointillée quand nous avons développé des vaccins très efficaces. Et les énormes augmentations de cas après une grande partie du pays a été vaccinée n’a tout simplement pas de sens, à moins que vous ne compreniez les variantes. Et la seule raison pour laquelle nous savons ce qui existe et essayons potentiellement de trouver ce qui pourrait être le prochain, le plus tôt possible, est grâce à une approche de surveillance génomique de routine robuste.

J’ai vu que le Royaume-Uni prévoyait de réduire une grande partie de ses programmes génomiques SARS-Cov-2. Ils ont été l’étalon-or pour le monde tout ce temps. Il est donc inquiétant d’entendre cela sur plusieurs fronts différents. Ils ont identifié les premières variantes préoccupantes et construit cette incroyable infrastructure pour lier les variantes à différents résultats épidémiologiques et cliniques. Ces outils ont donc conduit à tant d’informations sur les raisons pour lesquelles les choses sont comme elles sont. Et s’ils s’en vont, il va de soi que nous serons moins informés à l’avenir.

Pourquoi est-il utile pour les chercheurs de savoir à quelles variantes nous avons affaire ? Que peuvent-ils faire avec ces informations ?

Cela nous permet de les étudier et d’apprendre à leur sujet. Et pour quelque chose comme Omicron, lorsqu’il a été identifié pour la première fois en Afrique australe, vous pouvez simplement regarder le profil mutationnel du gène de pointe et dire : “Oh, cela va probablement être très immuno-invasif”, car il avait des mutations similaires. à d’autres variantes préoccupantes. Nous sommes arrivés au point où nous pouvons dire que, sur la base du profil mutationnel d’un virus, nous pourrions être en mesure de comprendre quelque chose à ce sujet.

Maintenant, pour la plupart, tout est Omicron. Et si on voyait un petit signal d’autre chose ? Qu’est-ce que cela nous dit ? Si dans une partie du monde ou une partie du pays, nous voyons des cas augmenter de quelque chose qui n’est pas Omicron, cela justifierait une enquête immédiate.

Qu’en est-il du développement de vaccins ? La surveillance génomique pourrait-elle nous aider à créer des vaccins spécifiques aux variants ?

Absolument. Vous ne pouvez obtenir cette information nulle part ailleurs. Lorsque le premier génome du SRAS-Cov-2 a été séquencé et rendu public, c’est ce qui a lancé le début du développement du vaccin, car nous savions quelle était cette séquence.

Je ne vais pas pontifier sur ce à quoi ressemblera l’évolution du SRAS-CoV-2 dans une décennie, mais j’aimerais bien savoir ce qui se passe. Le virus a pris tellement de tournures que tant de gens ne s’y attendaient pas, moi y compris. Je n’aurais jamais deviné que quelque chose comme Omicron sortirait. La variante BA.2 est incroyablement transmissible. Mais la raison pour laquelle nous savons ce que c’est et en quoi c’est différent, c’est à cause de la génomique. Je pense donc que oui, à court terme, nous sommes en quelque sorte à la croisée des chemins en ce moment, où les cas sont faibles. Mais je dirais que nous devons continuer à le faire, je pense, même dans des décennies. Nous n’éradiquons pas le SRAS-Cov-2. Nous devrions avoir un œil sur ce que fait l’évolution du virus dans un avenir prévisible.

La Maison Blanche a également déclaré que sans plus de fonds, le pays ne serait pas en mesure de maintenir sa situation actuelle essai niveaux. Si cela se produit, qu’est-ce que cela pourrait signifier pour la surveillance génomique?

Il y a une corrélation directe à coup sûr. Et l’autre chose est la montée des tests à domicile et à quoi cela pourrait ressembler pour un programme de surveillance génomique. Parce que souvent, les tests à domicile ne sont même pas signalés aux services de santé nationaux et locaux, et encore moins se retrouvent dans une installation de séquençage. Je pense donc que ce sont des ponts qu’il faut franchir et que des solutions doivent être trouvées. Mais la solution ne peut pas être que nous n’allons tout simplement pas faire l’un ou l’autre. C’est juste une mauvaise idée.

Si moins de financement devient disponible pour le suivi des variantes, existe-t-il des moyens pour les chercheurs d’être plus efficaces et agiles dans nos efforts d’échantillonnage ? Par exemple, l’Afrique du Sud, la New York Times rapporté, a réussi à mener un effort de surveillance robuste avec un budget réduit en échantillonnant au hasard les provinces du pays. Pouvons-nous faire cela ici?

Le CDC, ils en font déjà une version. Ils ont fait un travail incroyable à cet égard. Ils collectent [hundreds of] des échantillons de chaque État chaque semaine et séquencez-les pour obtenir cette couverture géographique. J’espère que cela continuera à se produire.

Quel est le moment, le cas échéant, pour envisager de réduire la surveillance génomique ? Nous séquençons des dizaines de milliers d’échantillons de coronavirus par semaine. Cela sera-t-il encore nécessaire dans 10 ans ?

Je pense que ce qui est important, c’est de maintenir la flexibilité et l’infrastructure. Je suis clairement biaisé parce que c’est le travail que je fais. Mais je pense qu’il devrait être élargi, et je pense que nous devons examiner ce genre de choses dans d’autres maladies infectieuses. Avec le SARS-Cov-2, c’est un outil tellement précieux. Cela a été tellement instructif que cela devrait simplement être quelque chose que nous faisons régulièrement.

Maintenant, l’échelle – absolument, nous devons être flexibles. Il n’y a pas beaucoup de cas dans le pays en ce moment. Cela signifie-t-il qu’il faut maintenant tout séquencer ? Ou devrions-nous toujours avoir un objectif de 10 % [of all positive samples]? Je ne sais pas. Mais je sais que nous avons besoin de l’infrastructure et de l’expertise nécessaires pour évoluer selon les besoins.

Je ne sais pas à quoi ressemblera la pandémie dans un an, dans cinq ans, dans 10 ans. Mais nous savons que le SRAS-Cov-2 est avec nous pour le long terme. Et avoir la capacité de garder un œil sur son évolution – à la capacité que les experts jugent nécessaire – je pense que c’est le gros point à retenir et la chose importante ici.

La source: www.motherjones.com

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