Variante Omicron : davantage de séquençage du gène Covid-19 est nécessaire pour garder une longueur d’avance sur les mutations

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La variante omicron du coronavirus est déjà apparue dans plus de 20 pays et elle était aux États-Unis fin novembre, ont annoncé les responsables de la santé le 1er décembre. Un voyageur qui est rentré en Californie depuis l’Afrique du Sud a été infecté par la variante, qui est également connu des scientifiques sous le nom de B.1.1.529.

“L’individu a été entièrement vacciné et a présenté des symptômes bénins, qui s’améliorent à ce stade”, a déclaré mercredi Anthony Fauci, directeur de l’Institut national des allergies et des maladies infectieuses, lors d’une conférence de presse à la Maison Blanche. « Il s’agit donc du premier cas confirmé de Covid-19 causé par la variante omicron détectée aux États-Unis. »

Omicron peut être plus transmissible que d’autres versions du virus, et son arrivée ajoute une urgence énorme aux efforts de séquençage du génome. En examinant les gènes qui codent pour le virus, les scientifiques peuvent distinguer les différentes souches du SRAS-CoV-2, le coronavirus qui cause le Covid-19. Ils peuvent souvent retracer d’où il vient et anticiper certains des traits qui le distinguent, comme la facilité avec laquelle il pourrait se propager ou la facilité avec laquelle il pourrait échapper à notre système immunitaire.

Les États-Unis se sont considérablement améliorés dans ce type de travail de détective, a déclaré Kristian Andersen, professeur d’immunologie et de microbiologie au Scripps Research Institute de Californie, dans un e-mail. Mais le pays s’appuie toujours sur un patchwork ad hoc de laboratoires, ce qui rend difficile pour les scientifiques de séquencer rapidement les génomes et de rapporter les résultats pour que tout le monde puisse les voir. “Une grande partie est encore piratée, y compris nos propres opérations ici à San Diego”, a déclaré Andersen.

Et il existe encore des endroits dans le monde où pratiquement aucun séquençage génétique du SRAS-CoV-2 ne se produit. D’autres variantes plus dangereuses du virus peuvent se cacher dans ces espaces vides. C’est pourquoi les scientifiques disent que la recherche de la prochaine variante ne devrait pas être limitée aux pays avec le plus de ressources et de laboratoires, comme les États-Unis. Beaucoup exhortent les pays les plus riches non seulement à distribuer des vaccins et des traitements Covid-19, mais également à renforcer le séquençage viral à travers le monde.

La surveillance du génome est la raison pour laquelle nous connaissons le variant omicron

Les origines de l’omicron ne sont toujours pas claires et nous ne savons pas comment il est arrivé dans différents pays. Mais la variante a montré à quelle vitesse un virus peut se propager sans être détecté.

L’Afrique du Sud et le Botswana ont annoncé fin novembre avoir détecté la nouvelle variante, mais elle circulait probablement déjà dans ces pays depuis des semaines en fonction du nombre de cas détectés. Les responsables de la santé en Belgique, en Allemagne et aux Pays-Bas ont rapporté plus tard que des échantillons montraient que la variante omicron était peut-être déjà en Europe au moment où l’Afrique du Sud et le Botswana ont sonné l’alarme.

Ce n’est pas un hasard si l’Afrique du Sud a été parmi les premières à le trouver. “La variante est beaucoup plus répandue en Afrique du Sud qu’en Europe – plus la prévalence est élevée, plus il est probable de la détecter”, a déclaré Andersen. “Cela dit, l’Afrique du Sud a une excellente surveillance qui est meilleure que la plupart des autres pays.”

La surveillance génétique pourrait également expliquer pourquoi l’omicron a été trouvé en Californie en premier, du moins selon le gouverneur de Californie Gavin Newsom. “Il n’est pas surprenant à bien des égards que la Californie annonce le premier cas”, a déclaré Newsom lors d’une conférence de presse mercredi. L’État est une plaque tournante de la biotechnologie et l’Université de Californie à San Francisco possède « l’une des principales institutions de séquençage génomique au monde », a-t-il ajouté.

Détecter de nouvelles variantes au fur et à mesure qu’elles commencent à se propager est un défi scientifique et logistique énorme. Les scientifiques et les responsables de la santé doivent souvent séquencer l’ensemble des gènes – le génome – qui codent le coronavirus dans un échantillon, un processus bien plus coûteux et compliqué que de simplement tester si les gens sont infectés. Le génome du SARS-CoV-2 est long d’environ 30 000 paires de bases et code pour 29 protéines.

Les chercheurs recherchent ensuite des mutations révélatrices qui révèlent la présence d’une variante. (Certains tests PCR Covid-19 conventionnels peuvent également être modifiés pour trier entre différentes variantes, mais cela nécessite un système de dépistage plus sophistiqué.)

Les informations génétiques aident déjà les fabricants de vaccins Covid-19 à étudier comment adapter leurs vaccinations à l’omicron, bien que les entreprises disent que leurs formulations de vaccins actuelles semblent toujours être efficaces. Mais l’annonce des variantes a également entraîné des restrictions sur les voyageurs en provenance de pays africains, ce qui, selon les scientifiques, pourrait dissuader les pays de signaler de futures variantes. La surveillance est plus efficace si les informations sont partagées à l’échelle mondiale, donc rester en avance sur les nouvelles mutations exige une coopération internationale.

De nombreux pays ont eu du mal à suivre la surveillance génétique nécessaire pour déterminer quelle version du virus cause le plus de dégâts, souvent par manque d’argent et de ressources. Les États-Unis ont également été critiqués pour ne pas avoir effectué suffisamment de séquençage du génome pour rester en avance sur les variantes, car les nouvelles souches ont pris racine plus tôt cette année. “C’est embarrassant, c’est tout ce que je peux dire”, a déclaré Diane Griffin, microbiologiste et immunologiste à Johns Hopkins, à Vox en janvier.

Les États-Unis ont depuis intensifié leur surveillance génétique du SRAS-CoV-2, renforcée par un afflux de plus d’un milliard de dollars vers les Centers for Disease Control and Prevention, les services de santé des villes et les gouvernements des États pour identifier les variantes spécifiques du virus dans circulation. Les responsables ont également investi dans la création de systèmes de notification pour les génomes du SRAS-CoV-2. Les laboratoires du gouvernement américain ont plus que doublé cette année leur taux de séquençage du génome. Des laboratoires privés et des établissements universitaires ont également participé.

Les laboratoires américains séquencent et signalent désormais 29 génomes pour 1 000 cas de Covid-19 détectés, environ 20 000 par semaine, ce qui place les États-Unis parmi les 20 premiers pays au monde. “Nous avons très peu d’angles morts aux États-Unis à cause de cela”, a déclaré Anderson à Vox.

Pourtant, il faut aux États-Unis un temps médian de 28 jours pour séquencer ces génomes et télécharger les résultats dans des bases de données internationales. Cela contraste avec le Royaume-Uni, qui séquence 112 génomes pour 1 000 cas, en prenant en moyenne 10 jours pour déposer ses résultats. Un retard de quelques jours seulement dans la détection peut donner aux variantes le temps de se propager silencieusement au sein des communautés et au-delà des frontières.

Des lacunes massives dans le séquençage génétique de Covid-19 laissent le monde vulnérable aux variantes

Il existe d’énormes pans du monde où le séquençage du génome est loin derrière les États-Unis et d’autres pays riches. “Cela signifie qu’il y a un retard dans la détection et la notification de nouvelles variantes dans les régions du monde où les niveaux de séquençage et de partage de données sont faibles”, a déclaré Alina Chan, biologiste moléculaire au Broad Institute, dans un e-mail.

Des pays comme les États-Unis séquencent beaucoup plus de génomes du virus SARS-CoV-2 que la plupart du reste du monde. Cela laisse des ouvertures pour que de nouvelles variantes de Covid-19 émergent sans être détectées.
COVID CG

Avec de vastes lacunes dans le séquençage du génome en Amérique du Sud, en Afrique et en Asie, d’autres mutations dangereuses du virus SARS-CoV-2 peuvent rester non détectées. Mais le séquençage des génomes demande du temps et des ressources qui doivent également être équilibrés avec d’autres besoins de santé publique. En cas de pandémie, les responsables de la santé doivent comparer la surveillance génétique aux tests, au traitement et à la vaccination, et il n’y a que peu d’argent et de capacité de laboratoire pour tout le monde.

“Nous ne pouvons pas séquencer chaque personne testée positive”, a déclaré Emma Hodcroft, épidémiologiste moléculaire à l’Université de Berne. « Nous allons manquer des choses qui circulent à des niveaux très bas. »

Hodcroft et Andersen ont déclaré qu’une référence idéale serait de séquencer entre 5% et 10% des génomes dans les cas positifs de Covid-19 à travers le monde. Cependant, ils ont reconnu que cela serait extrêmement difficile dans les pays avec moins de ressources. “Même amener une machine de séquençage dans beaucoup de ces pays est un cauchemar logistique absolu, et nous n’avons pas fait grand-chose dans cette pandémie pour essayer de soutenir une surveillance plus globale du séquençage”, a déclaré Hodcroft.

Ainsi, en plus de partager des vaccins et des tests pour Covid-19 avec les pays en développement, des pays comme les États-Unis devraient également aider à mettre en place des laboratoires dans le monde pour effectuer davantage de surveillance et de rapports génétiques. Sinon, une autre variante pourrait surprendre le monde et annuler une partie des progrès acharnés contre le virus.

La source: www.vox.com

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